诺基亚N9搭载的是 MeeGo 1.2 Harmattan操作系统。MeeGo是一个基于Linux的开源操作系统，由诺基亚和英特尔共同开发，主要面向移动设备。N9的设计独特，采用了3屏滑动界面，这一界面由诺基亚自命名为Swipe用户界面。

尽管MeeGo系统的生态系统相对薄弱，但它在当时提供了一种简洁、高效的操作体验，并支持多种应用，包括社交、娱乐和工具等类型。此外，有用户反映，N9还可以通过刷机安装第三方系统，如Android。

值得注意的是，诺基亚在2011年宣布放弃MeeGo，随后英特尔也宣布放弃该系统，使得N9成为唯一一台也是最后一台采用MeeGo系统的手机。尽管如此，N9在当时的市场中仍然具有一定的创新性和吸引力，其独特的操作系统和设计理念为智能手机市场带来了新的思路。