魅蓝手机使用的系统是 Flyme系统。Flyme是魅族基于Android操作系统为智能手机量身打造的操作系统，旨在为用户提供优秀的交互体验和贴心的在线服务。Flyme系统是魅族设计理念在软件更深层上的体现，也是魅族手机的核心竞争力之一，被魅族称为“产品的灵魂所在”。全新的Flyme 5.0基于安卓5.1深度定制，是一个更精致、更友好、更强大、更可靠的系统。此外，魅蓝的手机系统也曾基于Android 4.4.4定制的Flyme 4.2系统。