苹果iPhone 6手机出厂时自带的系统是iOS 8。考虑到iOS 9系统相比iOS 8在兼容适配性上相差无几，但增加了许多新功能，并且升级到iOS 10及更高版本需要更大的运行空间，因此推荐使用iOS 9操作系统。

然而，也有建议认为iOS 8系统运行流畅且省电，特别是对于16GB存储空间的iPhone 6用户，不建议升级到iOS 9及以上版本。此外，有用户反映，升级到iOS 10或更高版本后，手机性能会有所下降。

综合考虑，如果设备存储空间充足，建议升级到iOS 9以获得更好的性能和更多新功能。如果存储空间有限，iOS 8也是一个不错的选择，因为它在老设备上运行流畅且省电。最终选择哪个系统版本，还需根据个人需求和设备实际情况来决定。