90后用户主要使用的手机系统包括 iOS和Android。

iOS：

由苹果公司开发，主要应用于iPhone和iPad等设备。iOS以其良好的用户体验和顺畅的操作著称，一直定位于高端市场。未越狱的iOS设备只能安装苹果公司认证的应用，而越狱后可以自由安装其他未认证软件。

Android：

由谷歌公司开发，是目前最流行的手机操作系统之一。Android系统具有高度的可定制性，用户可以根据个人喜好选择不同的UI（如MIUI、Flyme、ColorOS等）。

此外，还有一些基于Android深度定制的操作系统，如华为的HarmonyOS（鸿蒙OS）、vivo的OriginOS、小米的MIUI、努比亚红魔的RedMagic OS、锤子的Smartisan OS和一加的氢OS等。

建议

iOS用户：如果注重系统的稳定性和生态系统的封闭性，iOS是一个不错的选择。

Android用户：可以根据个人喜好选择不同的UI，如追求高性能和流畅体验的可以选择MIUI或OriginOS，注重设计和功能的可以选择Flyme或ColorOS。

根据以上信息，90后用户主要使用的手机系统是iOS和Android，具体选择哪个系统可以根据个人需求和偏好来决定。