三星手机系统被认为较差的原因主要有以下几点：

后台管理逻辑问题：

三星系统的智能管理器后台管理逻辑较为混乱，与其他手机品牌的后台自启动和开机自启动两个功能不同，三星只有一个自启动功能。这导致如果关闭了软件的自启动权限，软件会在后台被系统杀掉，这对于需要长时间在后台运行的即时通讯软件如微信、QQ等来说是一个灾难。

系统优化不足：

三星手机在系统优化方面不如国内厂商如华为、小米、vivo、OPPO等做得好。三星的系统较为复杂，用户需要专门学习系统的设置，并且系统的层数非常多，有些功能藏得非常隐蔽，导致使用过程中体验感不好。

硬件配置问题：

三星手机在硬件配置上存在一定的劣势，尤其是运存较小。国内安卓软件市场较为混乱，软件本身优化不好，需要手机更多的运存来达到流畅运行的用户体验。而三星手机的运存一直在4G左右徘徊，这自然会令其系统更容易卡顿。

系统层数过多：

三星系统的层数非常多，有些功能藏得非常隐蔽，导致用户在使用过程中需要花费更多的时间和精力去学习和适应，这增加了使用难度。

本地化服务不足：

三星系统的本地化服务赶不上其他安卓手机品牌的系统，这使得一些新手用户在使用三星手机时会感到不便。

软件开发实力较弱：

三星在软件开发方面的实力相对较弱，与苹果和谷歌相比，三星缺乏操作系统开发的经验和积累。虽然三星曾尝试开发自己的操作系统，如Bada和Tizen，但这些系统并未在市场上取得成功。

市场策略问题：

三星对手机业务的重视程度不够，主要靠卖手机核心零件赚钱，对优化手机系统的投入较少。此外，三星近期还撤销了国内手机工厂，这进一步表明其在国内市场并不想投入更多资源来优化系统。

综上所述，三星手机系统被认为较差的原因主要包括后台管理逻辑混乱、系统优化不足、硬件配置较低、系统层数过多、本地化服务不足、软件开发实力较弱以及市场策略问题。这些因素共同导致了三星手机在用户体验上的不足。