魅蓝Note5搭载的是 Flyme系统。Flyme是魅族公司基于Android系统开发的操作系统，而魅蓝Note5作为魅蓝系列的一款机型，同样搭载了Flyme系统。根据最新的信息，魅蓝Note5在2016年上市时搭载的是Android 6.0版本的Flyme系统。此外，也有消息称，魅蓝Note5可能会优先适配Flyme6系统，并在Flyme6公测时成为首批用上该系统的机型。

因此，无论是从发布时间还是从适配系统的信息来看，魅蓝Note5搭载的都是Flyme系统，具体版本可能是基于Android 6.0的Flyme 5.2或者更新的Flyme 6。