生态系统工程是一门应用生态学原理和工程技术相结合的学科，旨在保护、修复和可持续管理自然生态系统。它主要特点包括遵循生态系统的自然规律，采用天然材料如植被、微生物等进行生态系统修复，强调系统工程与过程管理，实现工程与生态系统的协调，注重对生物多样性和生态环境功能的保护，整合多学科知识，兼顾社会、经济、文化等因素。

生态系统工程的应用范围广泛，包括开发、设计、建立和维持新的生态系统，以期达到污水处理（水质改善）、地面矿渣及废弃物的回收、海岸带保护等目的。同时，还包括生态恢复、生态更新、生物控制等。

在具体实施过程中，生态工程会应用生态系统中物种共生与物质循环再生原理及结构与功能协调原则，结合结构最优化方法设计的分层多级利用物质的生产工艺系统。其目标是在促进自然界良性循环的前提下，充分发挥物质的生产潜力，防止环境污染，达到经济效益与生态效益的同步发展。

综上所述，生态系统工程是一门综合性的学科，通过运用生态学原理和工程技术，实现生态系统保护和可持续管理的目标。它强调生态系统的自然规律，注重生物多样性和生态环境功能的保护，并整合多学科知识，以实现社会、经济、文化的协调发展。