魅族目前使用的操作系统是基于 Android系统深度定制的Flyme OS。Flyme OS是魅族公司为其智能手机产品量身定制的操作系统，属于安卓系统的高端定制版本，适合国内多数人的使用习惯。自2012年6月25日起，魅族正式将基于Android 4.0.3的手机操作系统确立为“Flyme”。此后，Flyme系统经过多次迭代更新，最新版本为适用于魅蓝metal的Flyme 5.1。此外，魅族还推出了其他版本，如Flyme 6、7、8等。最近的消息显示，魅族20系列将首发搭载新一代无界生态系统Flyme 10。