系统进化树（Phylogenetic tree）是一种用于表示不同物种或同一物种不同个体之间亲缘关系的树状图。它通过模拟一棵树的分支结构，直观地展示了物种或基因的进化历程和关系。系统进化树的基本构成元素包括：

根（Root）：

所有分类单元的共同祖先，位于树的最顶端。

节点（Node）：

表示一个分类单元，可以是物种、种群或基因。节点分为内部节点（内部分支）和外部节点（叶子节点，代表参与分析的物种或序列）。

进化分支（Evolutionary Branch）：

由两种或多种生物（或序列）及其祖先组成的树枝，代表它们之间的进化关系。

外群（Outgroup）：

与分析序列相关的生物序列，具有较远的亲缘关系，通常用于确定其他物种的相对位置。

自展值（Bootstrap）：

用于检验进化树分支的可信度，范围是0-1或0-100%，一般要求自展值大于59%被认为是可信的。

距离标尺（Distance Scale）：

显示序列差异度比例尺，用数值表示，帮助观察者理解物种间进化距离。

系统进化树的构建通常基于分子钟理论，通过序列比对和建树方法来研究物种或基因的进化关系。常用的方法包括：

多序列比对（MSA）：将多个生物的基因或蛋白质序列进行比对，找出保守区域和变异区域。

遗传距离计算：通过计算两个序列之间的遗传距离，估算它们之间的进化时间。

建树算法：如邻接法（Neighbor-Joining）、最大似然法（Maximum Likelihood）等，用于从比对结果中构建进化树。

系统进化树的应用非常广泛，包括：

物种鉴定：通过比较未知物种的序列与已知物种的序列，确定其分类地位。

功能基因研究：识别关键功能基因和蛋白，为生物学研究提供线索。

进化研究：揭示物种的演化历程和亲缘关系，理解生物多样性的起源和演化机制。

总之，系统进化树是一种强大的生物学工具，能够帮助科学家更好地理解生物的进化历史和关系。