修改PE系统可以通过以下几种方法进行：

修改内部注册表

提取内部注册表文件，例如 `\WXPE\SYSTEM32\CONFIG\*.*\WXPE\SYSTEM32\SETUPREG.HI_`，并将其解开成 `SETUPREG.HIV`。

使用注册表编辑器 `REGEDIT.EXE`，加载提取的注册表文件，进行所需的修改，然后卸载配置单元以保存更改。

修改配置文件

对于不依赖于外置程序目录结构的注册表项目，可以编写REG文件（可以从XP系统中导出并修改），然后使用 `REG`命令将其导入PE系统。

如果需要修改外置程序的目录结构，可以使用 `REGDOC.CMD`文件，通过在文件中添加相应的行来自动导入外置程序。

使用虚拟磁盘工具

使用虚拟磁盘工具（如VDM1）加载 `WINPE.IMG`文件，并在虚拟磁盘上进行修改。修改完成后，卸载虚拟磁盘映像以保存更改，并使用 `CabManager`将修改后的 `WINPE.CAB`重新保存为 `WINPE.IM_`。

修改启动菜单

如果需要在PE系统下添加其他工具，可以将其他PE的映像文件复制到U盘根目录下的 `MINIPE`文件夹中，并在GRUB启动菜单中添加这些工具。

通过BIOS设置

进入主板BIOS设置，将U盘设置为第一启动项，然后从U盘启动进入PE系统。

使用微PE工具

在正常系统中安装微PE工具，它会将PE系统整合在原系统硬盘的启动文件中，并在开机时提供一个选择来决定是否进入PE。

在进行任何修改之前，建议备份重要数据，以防修改导致PE系统不可用。此外，由于PE系统的特殊性，某些操作可能需要一定的技术知识，建议在操作前详细阅读相关文档或寻求专业人士的帮助。