荣耀手机主要使用的系统是 MagicUI，这是基于Android操作系统开发的定制版系统。荣耀手机在华为被制裁后，新机型普遍采用Magic UI系统，而旧机型则普遍使用基于安卓的EMUI系统。部分荣耀机型还支持升级为华为研发的HarmonyOS操作系统。

具体来说，荣耀Magic3 Pro等新款手机预装了Magic UI 6.0，该系统基于Android 12开发。而荣耀X40等机型则预装了基于Android的Magic UI操作系统。

因此，荣耀手机主要使用的系统是MagicUI，这是一款基于Android系统开发的定制化操作系统，提供了丰富的功能和个性化设置。