魅族MX3搭载的是 Flyme OS系统，这是魅族科技基于Android操作系统定制的系统。Flyme OS针对魅族手机的特点进行了性能优化和用户体验改进，具有独特的界面设计和功能。

具体来说，魅族MX3预装的是Flyme 3.0操作系统，该系统在2013年发布，相较于前代产品Flyme 2.0，在操作上更加方便快捷，充分发挥了触控的优势。例如，激活多任务菜单不再需要双击HOME键，而是从屏幕底部的左右边缘向上滑动即可。此外，Flyme 3.0系统还对单手操控进行了优化，可以在百分之七十的情况下实现单手触控操作。

虽然后续有提到Flyme 3.X和Flyme 4.x版本的更新，但根据信息，魅族MX3在2015年9月前的最新体验版系统固件为Flyme OS 4.5.5A（公开版），稳定版固件为Flyme OS 4.2.8.2A（公开版）。因此，可以推断出魅族MX3主要搭载的是Flyme 3.x系列的系统。

综上所述，魅族MX3搭载的是基于Android的Flyme OS系统，具体版本可能是Flyme 3.0或后续的3.X系列。