苹果iPhone 6s搭载的是iOS8系统，并且出厂时预装了这一系统版本。iOS8于2015年9月10日发布，与iPhone 6s一同推出。该系统支持多种功能，包括TouchID指纹识别技术、3D压力感应以及更高级的相机功能，如1200万像素的主摄像头。

尽管苹果6s可以接收后续的系统更新，包括iOS9和iOS11等，但根据最新的信息，iOS11.3被认为是苹果6s的最佳系统版本。不过，考虑到iOS11.3发布于2018年，且苹果6s是一款相对较旧的设备，用户在选择系统版本时应权衡系统对新硬件的支持程度以及个人使用习惯和需求。

如果用户希望获得最佳的使用体验，建议选择与设备硬件兼容的最新系统版本。然而，对于使用旧版系统有特定需求的用户，如需要使用某些特定应用程序或功能，则应根据实际情况选择合适的系统版本。