苹果iPhone 6s系统起始版本为iOS 8。该款手机于2015年9月10日发布，配备iOS 8操作系统，并支持后续的系统更新。虽然有些资料提到部分iPhone 6s可能预装了iOS 9，但这并不是普遍情况，且随着后续iOS版本的发布，这些设备理论上能够升级到更高版本的iOS。

综合以上信息，可以得出结论，iPhone 6s的出厂系统版本为iOS 8，但用户可以根据需要升级到iOS 10、iOS 11等更高版本。