苹果iPhone 6s最适合使用的系统版本是iOS 9或iOS 10。这两个系统版本对苹果6s的硬件进行了优化，可以提供流畅的操作体验，并且在功能和性能优化方面能够充分发挥iPhone 6s的性能。

具体来说，iOS 9比iOS 8更稳定，功能更全面，而且还更加开放。而iOS 10虽然相较于iOS 9有一些新功能，但对于硬件性能的要求也更高，可能会导致一些老旧设备在使用过程中感到吃力。

因此，如果当前系统稳定流畅，不建议升级到最新的iOS 11或更高版本，以免影响设备的使用体验。