苹果iPhone 5S最适合的系统版本是 iOS 9。iOS 9自2015年发布以来，一直受到苹果5S用户的青睐，主要原因是其软件兼容性能良好，能够满足大多数用户的需求。此外，iOS 9也是苹果5S能够支持的最新系统版本，用户可以继续获得苹果提供的安全更新和性能改进。

尽管有用户反映，升级到较新的iOS版本（如iOS 10和iOS 11）后，设备可能会出现卡顿、耗电和发热等问题，但这些情况在开发者版系统中较为常见。对于普通用户来说，如果没有备用机，建议谨慎升级。

综合考虑兼容性和长久的软件支持，iOS 8或iOS 9是较为理想的选择。iOS 8在电池管理、第三方输入支持等方面有显著改进，而iOS 9则在稳定性和功能完善性方面表现更佳。

因此，对于苹果iPhone 5S用户来说，iOS 9是最适合的系统版本，既能保证良好的兼容性和稳定性，又能继续获得苹果的安全更新。如果用户对设备的流畅性和安全性有更高要求，可以考虑升级到iOS 12，但需注意可能存在的性能牺牲。