苹果iPhone 6 Plus的最佳系统版本是iOS 9。根据最新的信息，iOS 9是苹果6 Plus能够流畅运行的最佳系统版本。虽然苹果6 Plus可以支持较新的iOS版本，如iOS 10和iOS 11，但这两个版本在老设备上运行时可能会出现卡顿和反应迟缓的问题。因此，对于苹果6 Plus来说，iOS 9是最合适的选择。

建议用户选择iOS 9以获得最佳的使用体验。如果需要更新系统，建议先备份数据，然后按照苹果官方的指南进行更新。