苹果iPhone 6s的最佳系统版本是 iOS 11.3。这个版本是目前苹果iOS的最高正式版固件，提供了许多新功能和性能改进，包括更智能的Siri、新加入的省电模式以及修复了多任务卡顿等问题。

尽管有建议认为iOS 9和iOS 10也是适合苹果6s的系统版本，但iOS 11.3在稳定性和功能全面性方面表现更佳，是推荐的首选。

如果考虑升级系统，iOS 14或iOS 15也是不错的选择，因为它们相对稳定且新增了不少实用功能，可以提升用户体验。

因此，综合考虑性能和稳定性，iOS 11.3是苹果6s的最佳系统版本。如果设备支持，建议升级到这一版本以获得最佳使用体验。