一般情况下，手机被扣押后，公安机关应在三日内归还。如果手机与案件无关，公安机关应在三日内解除扣押并予以返还。对于行政案件，扣押物品的期限通常为三十日，但在案情重大或复杂的情况下，经公安机关负责人批准可以延长三十日。如果案件审结后，手机作为证据不再需要保存，也会予以返还。

需要注意的是，如果手机被认定为涉案物品，则派出所要进行扣押，自然要收手机。此外，即使手机被认定为非作案工具，其返还也可能受到案件审理进程的影响。在侦查或者获取证据的过程中，若手机内的相关数据对破获案件具有关键性的影响，警方有权暂时将其扣留，直至案件的全部调查工作顺利完成。这种情况下，手机被扣留的时间可能持续数日、数月乃至更长久。

综上所述，手机被扣押后的归还时间因案件性质、复杂程度及司法程序进展而异。一般情况下，如果手机与案件无关，公安机关应在三日内归还。如果案件复杂或重大，归还时间可能会延长至三十日或更长。在特定情况下，如手机内的数据对破案有关键性影响，扣押时间可能会持续较长时间。