魅族6搭载的是Flyme 6系统。Flyme 6是由魅族于2016年11月30日在北京演艺中心发布的一款全新的手机系统。它在功能、设计以及安全性方面都有大提升。在Flyme 5的基础之上，Flyme 6进一步调整了主色调和UI布局，并新增了200个以上的动画效果。安全性方面，Flyme 6带来了平行空间以及伪基站防御功能，还可检测支付环境潜在威胁。