选择系统盘的格式主要取决于您的使用场景和需求。以下是两种常见格式的比较和建议：

NTFS格式

优点：

高安全性：NTFS提供了文件权限和加密功能，可以更好地保护系统文件和数据。

高硬盘利用率：NTFS的簇较小，可以更高效地利用硬盘空间。

断电保护：NTFS支持日志文件和实体数据备份，断电重启时无需运行硬盘检测程序。

支持大文件和分区：NTFS支持最大2TB的分区和文件，适合存储大文件和大容量硬盘。

缺点：

兼容性问题：在DOS环境下无法识别NTFS分区，需要使用第三方工具。

FAT32格式

优点：

广泛兼容性：FAT32兼容大多数操作系统和程序，包括早期的Windows版本和Linux系统。

速度快：FAT32的存取速度通常比NTFS快。

适合备份：FAT32更适合使用GHOST等备份工具进行系统备份。

缺点：

安全性低：FAT32没有文件权限和加密功能，安全性较低。

硬盘利用率低：FAT32的簇较大，硬盘利用率较低。

不支持大文件和分区：FAT32不支持超过4GB的文件和分区。

建议

家用系统盘：建议使用NTFS格式，因为它提供了更高的安全性和硬盘利用率，同时支持大文件和分区。

服务器系统盘：如果使用的是较新的Windows版本（如Win8、Win10、Win11），则必须使用NTFS格式。如果使用的是较旧的Windows版本（如Win2K3之前），则可以考虑使用FAT32格式，但需要注意其安全性和兼容性问题。

根据以上建议，如果您使用的是较新的Windows版本，建议选择NTFS格式；如果使用的是较旧的Windows版本或需要考虑兼容性问题，可以考虑使用FAT32格式。