荣耀手机的原生系统是 MagicUI，这是一款基于Android操作系统的用户界面。荣耀手机在独立前的一些机型，如荣耀30系列、荣耀V30系列、荣耀X10系列、荣耀20系列和荣耀V20系列等，支持升级到华为研发的HarmonyOS操作系统。新机型通常搭载Magic UI系统，而旧机型则多使用基于安卓的EMUI系统。此外，荣耀50系列搭载了Magic UI 6.0系统。