魅族MX4 主要搭载了基于Android操作系统的Flyme OS。Flyme是魅族为旗下智能手机量身打造的操作系统，旨在为用户提供优秀的交互体验和贴心的在线服务。MX4出厂的系统版本为Flyme OS 4.2.2.2a，并且支持移动、联通的4G/3G/2G网络。此外，也有搭载基于Android 4.4深度定制的Flyme 4.0系统的版本。

建议用户选择适合自己需求的系统版本，并确保系统版本为最新，以获得最佳的使用体验和安全性。